O Brasil possui a maior costa tipicamente tropical do planeta, com uma complexa rede de habitats. Apesar disso, apenas 0,4% de toda a área marinha brasileira está incluída em UCs de qualquer natureza. O esforço de alguns agentes do governo federal brasileiro tem procurado aumentar não só a área, mas a efetividade das UCs marinhas.
As UCs marinhas são áreas protegidas importantes para conservar a biodiversidade, fomentar o turismo ecológico em áreas com esse potencial e também para garantir a reposição do estoque de espécies cuja pesca é liberada. Elas protegem áreas que servem de habitat, locais de reprodução e também como berçário de diversas espécies.
O Sistema Nacional de Unidades de Conservação (SNUC) está organizado em torno de dois grupos de categorias: as unidades de conservação de uso sustentável, cujo objetivo básico é, segundo a lei, “compatibilizar a conservação da natureza com o uso sustentável de parcela de seus recursos naturais”, e as unidades de conservação de proteção integral, que têm o objetivo básico de “preservar a natureza, sendo admitido apenas o uso indireto dos recursos naturais”. A equipe do Veleiro ECO e seus parceiros científicos irão desenvolver pesquisas em quatro unidades de conservação, todas de proteção integral, a Reserva Biológica Marinha do Arvoredo (SC), a Reserva Biológica Marinha do Atol das Rocas (RN), o Parque Nacional Marinho de Fernando de Noronha (PE) e o Parque Estadual Marinho da Laje de Santos (SP), com o objetivo de divulgar esses ambientes e conscientizar a população acerca da fragilidade e importância desses hábitats.